В конце 80-х годов XX века в результате мер по либерализации внешней торговли предприятия и фирмы получили право самостоятельного выхода на внешний рынок, возникла необходимость создания новых таможенных органов. В августе 1989 года вводятся должности уполномоченных от Московской центральной таможни по Смоленску и Смоленской области — ими стали Владимир Захарович Чайка и Петр Стефанович Аносов. 30 июля 1990 г. создается Смоленский таможенный пост Калужской таможни, который 30 апреля 1991 года преобразован в Смоленскую таможню. Первым руководителем стал В. З. Чайка.
Географическое положение, транспортная инфраструктура и промышленность способствовали быстрому развитию таможенного дела на смоленской земле. В зоне деятельности таможни оказался 500-километровый участок границы с Белоруссией, вдоль которой были созданы таможенные посты и автопереходы. К началу 1995 года штат таможни насчитывал уже 1200 сотрудников.
В 1995 году работа ведомства была перестроена в связи с подписанием соглашения о создании таможенного союза между Россией и Белоруссией. Пограничные таможенные посты и автопереходы в течение года были ликвидированы.
В 2008 году ФТС России принята Концепция таможенного оформления и таможенного контроля товаров в местах, приближенных к государственной границе. Таможня стала активным участником апробации и внедрения современных информационных технологий, таких как удаленный выпуск деклараций на товары, их авторегистрация и автовыпуск.
В рамках проводимого Федеральной таможенной службой эксперимента по концентрации таможенного оформления в апреле 2016 года в таможне создан Смоленский таможенный пост, ставший одним из крупнейших в России центров электронного декларирования. Именно здесь состоялся первый в России автоматический выпуск декларации на товары. С 2016 по 2020 годы Смоленским ЦЭДом оформлено более 730 тыс. деклараций на товары, в федеральный бюджет перечислено свыше 570 миллиардов рублей.
Существенные изменения как в работе ЦЭДа, так и таможни в целом произошли в 2020 году. Состоялся ее поэтапный переход в статус таможни фактического контроля в связи с переносом электронного декларирования в созданные электронные таможни. А с 1 октября 2020 года к Смоленской таможне присоединена Тверская таможня. Таможенные посты Тверского региона переподчинены Смоленской таможне, создана Служба Смоленской таможни по Тверской области.
В августе 2014 года в целях исполнения Указа Президента России номер 560 «О применении отдельных специальных экономических мер в целях безопасности России» в Смоленской таможне созданы мобильные группы. Их задача – пресечение незаконного перемещения товаров и товаров, подпадающих под ограничительные меры.
С начала действия запретительных мер мобильными группами осмотрено свыше 72 тыс. транспортных средств, выявлено более 6,7 тыс. товарных партий, обладающих признаками товаров, подпадающих под ограничительные меры. 2,5 тыс. товарных партий выдворены за пределы территории Российской Федерации.
Сегодня регионом деятельности таможни являются Смоленская и Тверская области. В структуре таможни тринадцать таможенных постов, в ведомстве проходят службу более 600 должностных лиц.
За 35 лет существования таможни предотвращен вывоз из России более 500 икон, десятков орденов и медалей, других историко-культурных ценностей, а также уникальных палеонтологической и минералогической коллекций, различных живых животных, возбуждено более 600 уголовных дел, свыше 75 тысяч дел об административных правонарушениях.
Коллектив таможни живет не только работой. Доброй традицией стало оказание помощи ветеранам Великой Отечественной войны. В коллективе бережно хранят и чтят память о тех, кто погиб, защищая нашу Родину. Смоляне и тверичи ухаживают за воинскими захоронениями, участвуют в акциях «Георгиевская ленточка», «Свеча памяти», «Блокадный хлеб», «Бессмертный полк», отдавая дань уважения и признательности защитникам Отечества.
Еще одной традицией коллектива стали акции милосердия. Таможенники помогают социальным и детским учреждениям Смоленской и Тверской областей, жителям новых регионов. Они частые гости в подшефных Капыревщинской и Репинской школах, Православном детском доме Смоленска, семейном центре города Ржева, Тверской школе-интернате и Тверском центре обслуживания населения.
Коллектив таможни активно участвует в оказании помощи участникам специальной военной операции за счет личных денежных средств. Одними из первых смоленские таможенники передали в зону СВО два автомобиля повышенной проходимости. Регулярно направляются партии гуманитарной помощи по заявкам бойцов. Доставить груз бойцам помогают волонтеры движений «ВМЕСТЕ ZA ПОБЕДУ 67» и «Ваш тыл 67», «Народный фронт». Это — строительные материалы, инструменты, маскировочные сети, предметы личной гигиены, продукты питания и многое другое.
Кроме того, должностные лица таможни проводят встречи с участниками СВО, помогают их семьям, участвуют в концертах, организованных для участников спецоперации, находящихся на передовой и на лечении.
