Республика Алтай располагает одной из наиболее развитой в Российской Федерации сетью особо охраняемых природных территорий (ООПТ), по показателю насыщенности ими, занимает одно из первых мест в Российской Федерации.

Около 25% территории Республики Алтай заняты особо охраняемыми природными территориями: два государственных природных биосферных заповедника – «Алтайский» и «Катунский», национальный парк «Сайлюгемский», 4 природных парка – «Белуха», «Зона покоя «Укок», «Уч Энмек», «Ак Чолушпа», два государственных биологических заказника – «Сумультинский» и «Шавлинский», 44 памятника природы республиканского значения.

За нарушение правил охраны и использования природных ресурсов на ООПТ установлена административная ответственность по ст. 8.39 Кодекса Российской Федерации об административных правонарушениях (влечет наложение административного штрафа на граждан в размере от 3 тысяч до 4 тысяч рублей, на должностных лиц — от 15 тыс. до 20 тыс. рублей, на юридических лиц — от 300 тыс. до 500 тыс. рублей с конфискацией орудий совершения административного правонарушения и продукции незаконного природопользования или без таковой).

Также за нарушение режима заповедников, заказников, национальных парков, памятников природы и других особо охраняемых государством природных территорий, если данными действиями причинён значительный ущерб, установлена уголовная ответственность по ст. 262 Уголовного кодекса Российской Федерации (наказывается штрафом в размере до 200 тыс. рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до 18 месяцев, либо лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до 3 лет, либо обязательными работами на срок до 480 часов, либо исправительными работами на срок до 2 лет).