В 1994 году функции по охране пенитенциарных учреждений и их объектов были переданы от внутренних войск МВД в ведение уголовно-исполнительной системы.

В настоящее время отделы охраны учреждений ГУФСИН обеспечивают охрану 25 объектов: 14 исправительных колоний (в том числе трех лечебных исправительных учреждений), 3 производственных объектов, 5 следственных изоляторов, Канской воспитательной колонии и 2 тюрем. Протяженность периметров охраняемых объектов составляет более 31 км.

В ряде учреждений в настоящее время убраны вышки с часовыми и посты караульных собак, установлены новые заграждения и технические средства охраны: сформировано три рубежа обнаружения, установлены датчики, три линии видеокамер слежения, специальное охранное освещение, тревожная сигнализация. Технические средства охраны установлены так, чтобы не осталось «мертвых зон». Любое нарушение периметра учреждения фиксируется автоматически, система мгновенно выдает сигнал тревоги, на место нарушения выдвигается группа немедленного реагирования.

Сегодня основной акцент при охране пенитенциарных учреждений сделан на использование технических средств. Кроме того, серьезное внимание уделяется повышению профессионального мастерства сотрудников, совершенствованию уровня их специальной, огневой и физической подготовки, а также совершенствованию учебной материально-технической базы подразделений охраны.

В колониях и следственных изоляторах ГУФСИН установлено и эксплуатируется в интересах охраны 1937 видеокамер, в том числе 43 видеокамеры общего обзора.

В текущем году сотрудниками службы охраны  предотвращено 9 попыток доставки на территорию учреждений запрещенных вещей и предметов.